Bratislava je sčasti horská a sčasti nížinná. Približne dve tretiny jej územia ležia v Podunajskej a Záhorskej nížine, pričom podiel Záhorskej nížiny je nepatrný. O to väčšia je rozloha Bratislavy na Podunajskej nížine. Jej súčasťou je celá zadunajská Bratislava a Ružinov a veľká časť Rače, Vajnôr, Nového Mesta a Starého Mesta. Horská časť Bratislavy leží v Malých Karpatoch. Tvorí ju územie západnej časti Starého Mesta vrátane Hradu a Slavína a časť Záhorskej Bystrice a Nového Mesta.
Prírodná povaha a určité kultúrno-historické a polohové atribúty krajiny umožňujú rozdelenie Bratislavy a výstižné pomenovanie vyčlenených oblastí. Rozlohou najväčšiu časť slovenskej metropoly možno nazvať „nivná Bratislava“, pretože leží na nive, prípadne terasovanom náplavovom kuželi Dunaja. Je súčasťou Podunajskej nížiny, čomu zodpovedá jej prírodná charakteristika – je plochá, suchá a teplá. Pre ďalšiu časť možno zvoliť názov „zadunajská Bratislava“, pretože z pohľadu od centra mesta leží za Dunajom. Prírodné atribúty sú tu veľmi podobné ako v prípade nivnej Bratislavy. Treťou oblasťou je „vinohradnícka Bratislava“.
Prírodná charakteristika tohto regiónu je daná tým, že leží na rozhraní Podunajskej nížiny a Malých Karpát (od Hlavnej stanice po Raču). Poloha na výslnnej strane pohoria je hlavným dôvodom, prečo tu vznikla vinohradnícka oblasť. „Záhorská Bratislava“ leží na Záhorí, z pohľadu od centra mesta sa nachádza za horami.
V rámci Bratislavy leží najväčšou rozlohou v Malých Karpatoch. „Devínska Bratislava“ leží na juhozápade a patrí do nej Mlynská dolina a dunajský prielom cez Devínsku bránu od Devína po Most Lafranconi. Centrum Bratislavy je svojráznou oblasťou, pretože ide o niekoľko storočí urbanizovaný priestor, v ktorom sa prírodná krajina úplne transformovala na kultúrnu krajinu. Ide o tzv. starú Bratislavu. Stredoveké mesto kedysi vymedzené hradbami a bývalé predmestia dnes začlenené do širšieho centra ležia na okraji Podunajskej nížiny. Jeho súčasťou je aj hradný kopec a ďalšie pahorky na okraji Malých Karpát, kedysi pokryté vinohradmi a sadmi, dnes najlukratívnejšia vilová štvrť Bratislavy.
Dunaj – dominanta a symbol Bratislavy
Asi každý z návštevníkov si Bratislavu spája s Dunajom, ktorý sa v porovnaní s inými európskymi riekami správa takpovediac neštandardne. Keď jeho vody v Čiernom lese opustia zemské útroby, nenamieria si to do mora najkratšou trasou. Rieka si prekvapujúco vyberá jednu z najdlhších ciest merajúcu 2 857 km. Putovanie dunajskej vody do Čierneho mora nie je vôbec jednoduché, pretože do cesty sa jej viackrát stavajú dvíhajúce sa horstvá. Takúto prírodnú prekážku musí Dunaj zdolávať aj pri Bratislave, aj keď treba poznamenať, že Malé Karpaty patria medzi menšie bariéry… Pri Devíne Dunaj vstupuje do prielomu cez južný okraj Malých Karpát, ktorý sa nazýva Devínska brána. Vedci zistili, že nie vždy rieka tiekla tadiaľto. Odhliadnuc od toho, že v treťohorách si postupne predlžovala tok za zanikajúcimi morami a jazerami, ktoré zapĺňali dnešné podunajské nížiny, Dunaj najprv asi na inom mieste prekonával malokarpatskú prekážku.
Výskumom riečnych terás svahu v Devínskej bráne sa zistilo, že tam chýbajú najvyššie stupne. Vysvetliť to možno tak, že začiatkom štvrtohôr Dunaj tadiaľ netiekol, ale využíval južne ležiacu pozdĺžnu depresiu, ktorou dnes tečie rieka Litava (nem. Leitha). Pohorie sa v Devínskej bráne erodujúcemu toku bránilo tým, že pomaly rástlo, tektonicky sa dvíhalo. Rieka súboj prírodných živlov vyhrala a svoju vodu úspešne presunula cez 9 km dlhý prielom až do Podunajskej nížiny.Aj keď sa to nezdá, šíra Podunajská nížina je pre Dunaj tiež veľkou prekážkou, aj keď úplne inej povahy. Malé Karpaty sa snažili rieku nepustiť ďalej, avšak nížina robila všetko preto, aby ju takpovediac uväznila.
V priestore Žitného ostrova sa zem prepadáva. Príroda tu vytvára obrovitú jamu, dúfajúc, že ju dunajské vody budú zapĺňať a už ďalej nepotečú. Tento súboj titanov opäť vyhrala rieka. Z hornej časti povodia prináša veľké množstvo štrkov, pieskov a ílov, ktorými tektonickú depresiu postupne zanáša. Počas štvrtohôr tu nakopila takú masu riečnych sedimentov, že jej hrúbka v najhlbšom mieste niekde pod Dunajskou Stredou je takmer pol kilometrová! Kým do tejto hry nevstúpil človek, Dunaj takmer každý rok na prelome jari a leta dvíhal hladinu a riečna voda zaplavovala rozľahlú lužnú krajinu. Keď opadla, zanechala množstvo naplavenín. Riečny prúd si vo vlastných sedimentoch hľadal cestu, vetvil sa a kľukatil. Tak začal vytvárať rozložitý vrkoč nespočetných a mnohonásobne prepletených riečnych korýt a ramien.
Pod Bratislavou sa okolo Dunaja vytvorila nepreniknuteľná zelenomodrá džungľa tvorená rozvetvenou riekou, močiarmi a hustým lužným lesom. Svedectvá o tomto fascinujúcom prírodnom svete podávajú mapy zhotovené v 18. storočí. Je zaujímavé, že potom, ako sa krajinou prevalila veľká voda, sa obvykle utvorila nová kompozícia korýt a ramien. Preto sa jednotlivé mapy z tohto obdobia neraz až prekvapujúco líšia. A ešte jedna zaujímavosť: kedysi Dunaj nebol dnešným Dunajom. Presnejšie povedané, jeho hlavné koryto netieklo tam, kde tečie teraz. Podľa spomínaných máp bol veľký Dunaj približne Malým Dunajom, čo znamená, že tiekol severnejšie, takmer až okolo Bernolákova.
Prírodné zaujímavosti a chránené územia
Napriek tomu, že Bratislava je v rámci Slovenska územím s najvyšším stupňom urbanizácie a najvyššou hustotou osídlenia, ešte vždy tu sú prítomné prírodné fenomény zahrnuté do štátnej ochrany prírody. Zasahujú sem dve veľkoplošné chránené územia a 24 maloplošných chránených území s najprísnejším režimom ochrany. Bratislavské Malé Karpaty zákon od roku 1967 chráni ako chránenú krajinnú oblasť (CHKO). Lamačská brána ju rozdeľuje na dve časti. Prevažne lesná krajina je rekreačne využívaným lesoparkom. Pozoruhodná je najmä NPR Devínska Kobyla s výskytom stepnej vegetácie a prítomnosťou paleontologicky významnej lokality Sandberg. Zachované zvyšky lužného lesa okolo rieky Dunaj vyhlásili v roku 1998 za CHKO Dunajské luhy. Vo vlhkej močiarnej krajine dunajských riečnych ramien sa vyskytujú „ostrovy“ suchšej až lesostepnej vegetácie. Také možno nájsť napríklad v PR Ostrovné lúčky medzi Rusovcami a Čunovom. Sú zaujímavé výskytom vzácnych orchideí.
