Vo Veľkej Fatre sa vyskytuje množstvo vzácnych a chránených druhov rastlín. Najväčšiu časť, približne 90 percent územia, zaberajú zachované a málo zmenené lesy.
Najrozšírenejšou drevinou je buk, potom smrek, jedľa, borovica a javor. Zaujímavou drevinou pre toto územie je tis obyčajný (Taxus baccata), ktorý sa zachoval z ľadových dôb. Vo Veľkej Fatre dosahuje najväčšie rozšírenie v strednej Európe.
Ďalším vzácnym a chráneným druhom je cyklámen...